钙钛矿原子级分析工具 · 使用手册

面向终端用户(上传 STEM 图像、取 c/a 与极化定量结果的研究者)。本手册描述工具当前线上版本的界面、流程、输入输出与计算方法。
访问地址:https://liuzunyu.cn/perovskite_tool(需登录;内测期功能免费)。
正式计费:c/a 比值 ¥50,叠加极化结果再加 ¥50(两项合计 ¥100),按 case 按功能各付一次。

1. 工具简介

一句话定位:把一张钙钛矿的原子分辨 STEM 图像,自动算出每个晶胞的 c/a 轴比(四方度)B 位极化矢量 / 净极化相区判读KDE 极化密度图,并可直接下载结果图与逐原子 CSV。

适用材料:所有钙钛矿结构 ABX₃——立方、四方、正交、菱方相均可。以卤化物钙钛矿(如 α‑FAPbI₃)为代表应用对象,但方法本身不绑定单一材料。

适用图像:HAADF‑STEM(或能分辨 A 位亮柱 / B 位暗柱的相位衬度像),带轴为侧视 [010] / [100](A 位与 B 位列在投影面上可分辨)。俯视带轴(如 [001])无法求 c/a,工具会给出警告。

不适合:应变张量、多帧叠合、批量自动、多带轴自动判定(列入后续 Phase 2)。

2. 功能清单

功能输出说明价格
c/a 四方度c/a 平滑场图 + 分布直方图 + 统计读数 + 逐原子 CSV每晶胞局域轴比,识别四方度分布与涨落¥50
B 位极化极化箭头图(HAADF 叠加版 / 白底矢量版)+ |P| 标量场 + 逐晶胞 CSV原子尺度极化强度与极性轴取向含在极化结果内
净极化全局净极化粗箭头 + 序参量 + 区域(框选)净极化矢量平均,反向抵消;序参量≈1 单畴、≈0 反铁电/杂乱含在极化结果内
局域三相分布按极化方向分类的三相分布图基于 B 位极化方向的局域分类含在极化结果内
相区标注手动框选 + 自动判相(T / R‑O / 混合 / 无显著极化)按框内 T、R‑O 占比判相,零延迟出标签含在极化结果内
KDE 极化密度图论文用归一化极化密度盘校正后晶胞极化矢量在 A/C 晶轴坐标中的归一化出现密度(0–1)含在极化结果内

计费:c/a 比值 ¥50;选定 c/a 后 叠加极化结果(B 位极化 / 净极化 / 三相分布 / 相区 / KDE 全部极化相关功能)再加 ¥50,两项合计 ¥100。内测期全部免费。

说明:KDE 密度图的颜色表示极化矢量方向的出现密度,不是 HAADF 强度,也不是极化幅值。

3. 使用流程(8 步向导)

① 上传 ② 标定+画轴(去剪切) ③ 原子检测 ④ 人工审核 ⑤ 选功能 ⑥ 计算 ⑦ 结果

① 上传

支持 PNG / JPG / TIF 图像,以及 Gatan dm3 / dm4mrcemd(Velox) 原始数据。带元数据时 像素标度 px_nm 自动读取;纯图片无元数据时需手动输入尺度(或在图上画标尺兜底)。

② 标定尺度 + 画 c/a 轴(去剪切)

在图上画出 c 轴方向a 轴方向 两条向量;工具可用你画的 c/a 轴方向 自动估计扫描剪切角(去剪切 / drift 校正),也可手动拖剪切角到晶格摆正(c ⊥ a)。⚠ 校正后请重画 c/a 轴再检测。c/a 比值守恒,但绝对 c/a 仍含 ±1–3% 各向异性漂移(单图局限)。

③ 原子检测

后台自动:A 柱检测 → A 周期补点 → B 柱检测 → B 周期补点。只算 c/a 时可关掉 B 柱检测(更快)。检测免费,但设在飞任务与图像尺寸上限。

④ 人工审核(红线·必须)

浏览器 canvas 上 逐点审核 A + B 原子位置(增 / 删 / 拖 + 缩放)。未审核完成不能进入计算——原子定位必须经人确认,下游 c/a 与极化才可靠。

⑤ 选功能

勾选需要的分析(c/a、B 位极化、净极化、相区、KDE)。内测期功能均免费;正式上线后按功能计费:c/a 比值 ¥50,叠加极化结果再加 ¥50(两项合计 ¥100),按 case 按功能各付一次。

⑥ 计算

全部审核点做 2D 高斯精修,再算 c/a(带符号方向 + 行去抖)和 / 或 极化(P = B − 4A 中心,扣中位漂移)。通常 1–2 分钟,请保持页面打开。

⑦ 查看与下载

c/a:可调 MAD 离群剔除 k(默认 2.5)、边缘剔除去边、colormap、提亮;改参后重算免费(已付)。极化 / 净极化 / 相区 / KDE:箭头长度、颜色、线宽、背景等前端实时调;下载可选「带字版(直接用)」与「无字版(像素对齐,后期自加标注)」。全部结果可下载 CSV高清 PNG

4. 输入与输出

4.1 输入

要求
文件PNG/JPG/TIF,或 dm3/dm4/mrc/emd
带轴侧视 [010]/[100](A 亮 B 暗可分辨);俯视不行
尺度元数据自带,或手动输入 / 画标尺
质量原子柱可分辨、信噪足够;过暗/过密会检测失败

4.2 输出文件

ca_per_atom.csvx_nm, y_nm, d_c_A, d_a_A, c_over_a_raw, c_over_a_flatc_over_a_flat 为行平滑后值)。

polar_per_cell.csvcell_idx, …, Px/Py_pm, P_mag_pm, P_phi_deg, Px/Py_corr_pm, P_corr_mag_pm, P_corr_phi_deg, ti_sourceti_source:detected=检测 / lattice_filled=周期补点 / manual=审核新增 / manual_moved=审核拖动)。

结果图:c/a 场图、c/a 直方图、极化箭头图、|P| 标量场、净极化图、KDE 密度盘、相区标注图。

4.3 c/a 统计读数

n_cellsmean / median / stdratio_of_meansgeomean、以及 Jensen Δ(分布不对称度)。

5. 计算方法与原理(可写入论文)

以下为工具实际采用的算法,已按著者‑出版年制给出参考文献并逐条核对(题名 / 卷页 / DOI 均经 WebSearch 复核)。客户可直接节选写入自己论文的 Methods 章节。

5.1 晶格轴比 c/a 的测定

在钙钛矿 ABX₃ 的 [001] 投影中,A 位阳离子列排列成周期晶格。我们从原子分辨 STEM 图像中检测 A 位原子列并作亚像素级定位,对每一列计算其沿 c 轴与沿 a 轴到最近邻原子列的层间距,分别记为 d_c 与 d_a,二者之比即该列的局域轴比 c/a(Lazić et al., 2016; Yücelen et al., 2018)。为抑制成像漂移与原子定位误差带来的系统偏置,逐列 c/a 先按晶格行作平滑处理,再以基于中位绝对偏差的准则剔除明显误定位的点(Leys et al., 2013)。最终以均值(或中位数)及分布直方图报告 c/a 的统计结果(Rothmann et al., 2020)。

5.2 B 位极化与净极化的测定

钙钛矿的自发极性来自 B 位离子相对由 A 位构成的晶胞中心的有序位移(Jia et al., 2008)。我们以 A 位原子列重建晶胞中心,将每个 B 位离子匹配至最近的晶胞,其相对晶胞中心的位移在晶体 (a, c) 轴下的投影即局域极化矢量,模长与方向分别对应原子尺度的极化强度与极性轴取向。扣除全体极化矢量的中位系统性漂移后,取所有矢量之平均得到净极化,其模长给出净极化强度、方向给出极性轴;净极化模长与平均极化模长之比(极化序参量)反映极化方向的全局相干程度(Silverman, 1986)。

5.3 参考文献(已逐条核对)

Jia C L, Mi S B, Urban K, Vrejoiu I, Alexe M, Hesse D. Atomic-scale study of electric dipoles near charged and uncharged domain walls in ferroelectric films[J]. Nature Materials, 2008, 7(1): 57-61. DOI: 10.1038/nmat2080.

Lazić I, Bosch E G T, Lazar S. Phase contrast STEM for thin samples: Integrated differential phase contrast[J]. Ultramicroscopy, 2016, 160: 265-280. DOI: 10.1016/j.ultramic.2015.10.011.

Leys C, Ley C, Klein O, Bernard P, Licata L. Detecting outliers: Do not use standard deviation around the mean, use absolute deviation around the median[J]. Journal of Experimental Social Psychology, 2013, 49(4): 764-766. DOI: 10.1016/j.jesp.2013.03.013.

Silverman B W. Density Estimation for Statistics and Data Analysis[M]. London: Chapman & Hall, 1986.

Yücelen E, Lazić I, Bosch E G T. Phase contrast scanning transmission electron microscopy imaging of light and heavy atoms at the limit of contrast and resolution[J]. Scientific Reports, 2018, 8: 2676. DOI: 10.1038/s41598-018-20377-2.

Rothmann M U, Chen Y, Müller C, et al. Atomic-scale microstructure of metal halide perovskite[J]. Science, 2020, 370(6516): eabb5940. DOI: 10.1126/science.abb5940.

6. 局限与注意事项(重要)

说明
带轴只支持侧视 [010]/[100];俯视 / 轴近平行时 c/a 不可靠,工具会警告
单 FOV单张视场,不做多帧叠合;统计代表该局部区域
绝对 c/a 漂移单图含 ±1–3% 各向异性扫描漂移,绝对数值需用 cubic 参考样标定;相对对比可靠
均匀分量 = drift当 c/a≈立方相(无自发四方度)时,极化场的均匀分量通常是漂移而非真实铁电,需结合相区判断
人工审核红线原子定位未审核不能计算;审核质量直接决定结果可信度
异质样品离群剔除MAD 剔除可能误删真原子(畴/应变区),可调大 k 或设为 0 关闭
付费保护计算与下载均校验该功能已付费(内测期免费);未付不能打渲染/结果接口白嫖

7. 常见问题

Q:上传纯 PNG 没有 px_nm 怎么办?
A:在「标定尺度」步手动输入像素‑Å 值,或在图上画标尺,工具按标尺换算。

Q:为什么算出来 c/a 全是 ≈1.0?
A:可能样品确为立方相(无自发四方度),或绝对 c/a 被漂移拉平。先用 cubic 参考样标定绝对尺度;相对涨落仍可从直方图看。

Q:极化箭头全朝一个方向是真实的吗?
A:先排除漂移——均匀分量往往是扫描剪切残留。用「去剪切」校正后再看;净极化序参量接近 1 才支持单畴结论。

Q:B 位太暗检测不到?
A:可关掉 B 柱检测,只算 c/a;极化分析需要 B 柱,暗样建议用相位衬度(iDPC)成像提高 B 位衬度。

Q:结果能直接写进论文吗?
A:§5 的方法文字与参考文献已按出版年制核对,可节选放入 Methods;图建议用「无字版」自加标注,或「带字版」直接用。